Dag 2. Werken virologen op te laag veiligheidsniveau?

Vrijdag 8 Januari 2016 is de tweede dag dat de NSABB (National Science Advisory Board for Biosecurity) vergadert over het nut en de gevaren van Gain of Function (GOF) research. Met GOF worden virussen en bacteriën door genetisch manipulatie besmettelijker of dodelijker gemaakt.
De webcast is open voor publiek, vanmiddag van 14:30 tot ongeveer 19:30 Nederlandse tijd, voor het hele programma van de vergadering.

Gisteren werd duidelijk dat de Rotterdamse viroloog Ron Fouchier en zijn collega Yoshi Kawaoka graag op de oude voet op BSL3 niveau willen blijven doorwerken. Zij stellen dat door het gebruik van speciale klasse 3 cabinetten voor dierproeven met gevaarlijke virussen het hoogst haalbare is bereikt. Het zou geen zin hebben om op te schalen naar een hoger veiligheidsniveau.
In een BSL4 laboratorium zijn de veiligheidsmaatregelen nog strikter. Het labpersoneel loopt in drukpakken met eigen luchttoevoer, wat het werken er niet makkelijk op maakt. Toch stelde de Amerikaanse CDC in juli jl. voor om de gevaarlijkste vogelgriepvirussen onder het meest strikte regime te laten vallen.

Dat Fouchier en Kawaoka hun voorkeur voor BSL3 hebben komt wellicht, omdat zij sneller resultaten willen zien dan mogelijk is op hoger veiligheidsniveau. Yoshi Kawaoka werd zelfs twee maal berispt omdat hij het vereiste BSL voor zijn experimenten met ebola en vogelgriep aan zijn lablaarzen lapte.
Gelijk toen zijn vriend Fouchier in opspraak kwam rond H5N1, door genetische manipulatie besmettelijk gemaakt tussen fretten, publiceerde Kawaoka zijn eigen onderzoek met de H5N1 vogelgriep. In hun latere plannen kondigden beide wetenschappers nog gevaarlijker experimenten aan met H7N9 influenza.
Gelijk toen zijn vriend Fouchier in opspraak kwam rond H5N1, door genetische manipulatie besmettelijk gemaakt tussen fretten, publiceerde Kawaoka zijn eigen onderzoek met de H5N1 vogelgriep. In latere plannen kondigden beide wetenschappers nog gevaarlijker experimenten aan met H7N9 influenza.

Nu is viroloog Fouchier tevens voorzitter van de COGEM subcommissie Medisch Veterinair, die namens de overheid elk GOF onderzoeksvoorstel keurt. De frettenslager mag in Nederland al jaren zijn eigen vlees keuren. Maar Kawaoka wordt door het komende besluit van de NSABB en het voorstel van de CDC voor het blok gezet.
Kawaoka voert bij voorkeur de gevaarlijkste experimenten uit en dat zou straks een stuk moeilijker kunnen worden. Er is wel een mooi nieuw BSL4 lab bijgekomen in Boston, the Neidl, waar Kawaoka helemaal los zou kunnen gaan. Hij toont echter weinig animo om zijn vertrouwde laboratorium van de universiteit van Madison Wisconsin te verruilen.

Sinds oktober 2014 is er een moratorium afgekondigd door de Amerikaanse overheid, waardoor er momenteel geen fondsen beschikbaar zijn voor gevaarlijk GOF onderzoek.
De Europese Commissie houdt dezelfde discussie en bracht in oktober een relatief slap rapport uit, dat stelt dat de bestaande regels afdoende zijn en het verder aan de onderzoekers zelf overlaat.
In zijn presentatie bij de NSABB schaarde Fouchier zich achter dit Europese rapport: de huidige regels en controles volstaan. Het hoeft wat hem betreft niet te komen tot een risicoanalyse zoals gevraagd aan de NSABB, omdat elke becijfering toch maar nattevingerwerk zou zijn.
Binnenkort zou het Erasmus MC virologie lab het GOF onderzoek aan met name de vogelgriep dan weer op kunnen pakken. Fouchier zegt ook zonder Amerikaanse steun straks door te willen gaan met zijn gevaarlijke experimenten op fretten, die model staan voor menselijke infectie met griepvirus.

Vogelgriep is geen klein griepje, tijdens de recente Chinese epidemie stierf 60% van de patiënten die besmet waren met het H5N1 virus. De vereiste veiligheidsregels voor influenza, wanneer deze in ernstige mate besmettelijk en dodelijk kan zijn voor de mens, zouden niet anders moeten zijn dan die voor de ergste pathogenen.
De enige reden om voor vogelgriep onderzoek geen BSL4 te vereisen, is dat er behandeling mogelijk is. Dat geldt voor Kawaoka in Wisconsin en even goed voor Fouchier in Rotterdam, volgens bestaande regels.

Voor H5N1 waren er weliswaar een vaccin en antivirale middelen beschikbaar, maar of deze met de gemanipuleerde virussen zouden werken was sowieso onzeker. Voor H7N9 influenza is de bescherming nog slechter, geen vaccin, maar we hebben Fouchier niet horen klagen dat hij BSL4 ruimte nodig heeft. Hij werkt er liever niet gewoon? Onlangs is de voorgenomen bouw van een Nederlands BSL4 laboratorium in Bilthoven zonder ophef afgeblazen door de RIVM.
Rest ons te concluderen dat de regelgevers mooie dure regels gemaakt hebben, maar dat die voor Ron Fouchier niet gelden, hoewel hij er prat op gaat voor de Amerikaanse autoriteiten als dat hem uitkomt.

Vandaag voor de NSABB benadrukte Yoshihiro Kawaoka ook weer, dat regelgeving die we al hebben voldoende is. Maar als hij zelf steeds de grenzen van de regels opzoekt, wat is dat dan? Overmoed van een bevriend professor dokter?
Marc Lipsitch verbaast zich erover dat ongelukken in het lab in Nederland stelselmatig worden ondergerapporteerd. Zelfs al doen virologen niets buitengewoons dan nog zijn er allerlei incidenten mogelijk in hun lab, hoewel ze net als alle mensen hun fouten graag verbergen.
Vorig jaarverslag telde het Erasmus MC er vier, en dat is heel acceptabel voor een gentech lab waar ruim 1200 mensen met genetisch gemanipuleerde organismen mogen werken, maar wat precies gebeurde blijft doorgaans onduidelijk.

Advertisements

Dag 1. Wordt gevaarlijk virusonderzoek hervat?

Vandaag 7 Januari 2016 opent de NSABB (National Science Advisory Board for Biosecurity) zijn vergadering over het risico en nut van Gain of Function (GOF) research. Dat is onderzoek met pathogenen (ziekteverwekkers zoals virussen en bacteriën), die met genetisch manipulatie erger ziekmakend of besmettelijker worden gemaakt.

Onderzoekers in het lab hopen met GOF kennis op te bouwen over natuurlijke pathogenen, zodat we beter voorbereid zijn op een mogelijke pandemie mocht een infectie door natuurlijke mutatie van dier op mens overslaan. Virologen die GOF onderzoek doen verwachten stellig dat dit bij de vogelgriep staat te gebeuren.
Tegenstanders stellen dat deze experimenten juist zelf een groot gevaar vormen, omdat er altijd het risico is dat zo’n PPP (potentieel pandemisch pathogeen) uit het lab kan ontsnappen.
De afweging die de NSABB in deze vergadering moet maken is of GOF research met PPP genoeg kan bijdragen aan de ontwikkeling van vaccins en antivirale middelen, zodat dit opweegt tegen de risico’s die de mensheid daarbij loopt.

De webcast is open voor publiek en volgt het hele programma van de NSABB vergadering. Deze loopt vanmiddag van 14:30 tot ongeveer 23:30 Nederlandse tijd (CET), en op vrijdag van 14:30 tot ongeveer 19:30 CET.

Sinds oktober 2014 is er opnieuw een moratorium afgekondigd door de Amerikaanse overheid, waardoor er momenteel geen fondsen beschikbaar zijn voor GOF onderzoek aan o.a. influenza.
De Europese Commissie houdt dezelfde discussie en bracht in oktober een relatief slap rapport uit, dat stelt dat de bestaande regels afdoende zijn en het verder aan de onderzoekers zelf overlaat.
Risicovol GOF onderzoek vindt nu alleen nog plaats in China.

Betrokken academici van de Cambridge Working Group publiceerden voorafgaand aan de vergadering van vandaag hun bezwaren tegen hervatting van dit onderzoek. Marc Lipsitch zal ongetwijfeld namens de groep de vergadering in Bethesda bijwonen, om zijn punten naar voren te brengen.
Steven Salzberg haalt zijn eerdere Forbes artikel aan om nogmaals zijn zorgen te uiten over het Nederlandse GOF research naar vogelgriep. Dit gaat over Ron Fouchier van het Erasmus MC die een paar jaar terug ook hier in opspraak was (zie video DWDD uit 2012) om zijn gemanipuleerde H5N1 virus dat hij tussen fretten besmettelijk had gemaakt.
Tevens is viroloog Fouchier sinds januari 2008 voorzitter van de COGEM subcommissie Medisch Veterinair, die namens de overheid elk GOF onderzoeksvoorstel keurt. Deze frettenslager mag in Nederland al jaren zijn eigen vlees keuren.

Uiteindelijk zal de NSABB zijn oordeel moeten uitspreken over hervatten of stopzetten van (delen van) dit onderzoek, lees de voorlopige aanbevelingen (draft) voor het te voeren beleid.
De voorwaarden waaronder dit type GOF research doorgang zou kunnen vinden zijn uitgewerkt in een 1001 pagina lang rapport van contractant Gryphon Scientific, aan wie de Amerikaanse regering de risicoanalyse heeft uitbesteed. Aan het hoofd daarvan staat Rocco Cassagrande, die in Irak met een team van inspecteurs naar biologische wapens zocht tot aan de Amerikaanse invasie.

De NSABB hield in december 2012 speciaal voor het probleem van GOF research met H5N1 vogelgriep een internationale workshop. Daarvan zijn de beelden (hier met afgevaardigde Robbert Dijkgraaf) ook terug te kijken.

Het onderscheid tussen biosafety en biosecurity, zoals dat in Nederland gemaakt wordt, is hier minder van toepassing.
Biosafety is veiligheid van onderzoek, in dit geval met genetisch gemanipuleerde organismen (GGO) die een pandemie met miljoenen doden kunnen veroorzaken als deze GGO uit het laboratorium zouden ontsnappen. Biosecurity in engere zin betreft beveiliging tegen indringers, zoals terroristen.
Het zal vandaag gaan over biosafety binnen een groep voor de gevaren van biosecurity (NSABB).

In het buitenlandse debat maakt men zich grote zorgen over wat de Rotterdammers van plan zijn. Fouchier zegt ook zonder Amerikaanse steun straks door te willen gaan met zijn gevaarlijke experimenten op fretten, die model staan voor menselijke infectie met griepvirus. En vogelgriep is geen klein griepje, tijdens de recente Chinese epidemie stierf 60% van de patiënten besmet met het H5N1 virus.

Uw nijvere reporter zal de nieuwe ontwikkelingen volgen via de live NSABB webcast en Twitter en u daarover berichten. Waarbij vooral de vraag of het virologie lab in het Erasmus MC hun GOF onderzoek binnenkort weer op kan pakken voorop staat.

What is zero times zero?

The standard answer 0*0 = 0 is fine for most people. But the odd person who found this page will probably have second thoughts about it. As a philosoper you may feel that ‘zero times nothing’ is even less than plain empty: a deeper void.
Shouldn’t we express this as a power 0^2 in mathematics? Or will all positive powers of zero necessarily collapse to 0 under the usual assumptions in arithmetic? Can’t we make an exception so that zero powers make sense?

You have to ask yourself: what is zero? There are two simple answers.
First answer is the +0 axiom that a+0 = a. The function of adding zero to a number is not to change that number. This is called the identity element of addition in field theory.
Second answer is that zero is defined as one, minus one. The 1- axiom substitutes a sign for a counted down entry 1- := 0 in my natural array system, where a number increments by unit 1 and the unit - decrements it.
Equality X=Y implies Y=X (a symmetry relation), but in substitution the right side replaces the left (not symmetric).

Under the usual field rules we have:
0*0 = 0*0 + 0 = 0*0 + 1*0 = (0+1)*0 = 1*0 = 0.
Using the +0 axiom, symmetry of equality, the identity element of multiplication 1*a = a and the distributive law (a+b)*c = a*c + b*c.
By induction this reduces 0^n = 0 for all n>0 in standard algebra.

If we’d like to maintain that 0*0 is somehow different from plain 0, some exceptions must be introduced to the axioms of field theory. Simplest is not to let our +0 axiom apply to powers of zero. In turn we can discard the exception that there is no multiplicative inverse 1/0 and allow for negative powers of zero too.
Try on this zero division ring. If 0^-1 = 1.. = ω continues to make sense, your arithmetical system just became rich!

With my 1- substitution axiom an expression with just zero values like 0*0 defies reduction altogether.
1- + -*0 = 1 + -*1 + -*0 = 1 + -*(1+0) = 1 + -*1 = 1- := 0.
1- + -*0 := 0 + -*0 = 1*0 + -*0 = 1-*0 := 0*0.
One way substitution to define inverses, how can we cope?

I can’t prove that 0+0 := 0 either, should I leave it, or make it a new rule?
1- + 0 := 0 + 0 = 0*1 + 0*1 = 0*(1+1) = 0*2.
1- + 0 = 1 + -*1 + 0 = 1 + 0 + -*1 = 1 + -*1 = 1- := 0.
To hold on to zero powers I maintain that -*0 ≠ 0 and take -*- to be a double negated variation of 1 that also may raise special powers.

Some 10 years ago on my xs4all blog I wrote a series of articles, where I derived theorems from such a contrived substitution axiom. But I am sceptical now. To drive the rule of additive inverses into a one way street raises a serious obstruction in the centre of mathematics.
What do you think?

the Google symbol ^^ and when to use it

You may have stumbled on this problem:
On many websites and blogs that allow comments the option to put an internet link there has been disabled. An url in your text won’t be accepted on their server. As you hit the submit button your contribution may disappear, in some cases irretrievably and you have to write the whole story again.
The good habit of copying all your text before you submit can save you from this agony. But how do you link to a page without being able to make its url explicit?

Or people with problems with comments:
On some news websites a comment with url has to be checked by a moderator first. But you can never be sure if there is a moderator available to handle all comments, let alone approve of yours. Comments often remain in limbo.
Moderation is to be avoided at all cost, these people feel too important. If a moderator doesn’t like your link you might be blocked from their website. This happened to me on nujij.nl when I posted the link putin2048.ru. I was thrown out and all my former news comments were instantly deleted. If you don’t like machiavellian moderators to judge your carefully crafted posts, it helps not to paste urls.

YouTube’s ghostly problem:
Often a comment with url will be “ghosted” by YouTube. This means that, as long as you are logged in you see your comment alright, but when you are logged out it is gone. For other visitors your comment with link is invisible too.
I don’t know if these ghosted comments at YouTube should later be approved by the owner of the channel. I found I had to paste my text in a new comment and remove the url. But there is something better you can do!

Prepare for link rot:
The internet is slowly disappearing… If you choose not to depend on direct urls, you avoid the problem of dead links, which becomes worse as the years go by. Or did you think a web archiving service can be trusted upon? Wikipedia recommends to link to an archive, but that is bad planning.
Trust on Google, without a good search engine the internet is useless anyway. The Google bot actively indexes the whole web, so by Google search you may find back the article for a broken link.

Fix yours:
Just supply the info so people can paste it in Google to retrieve a link to the intended webpage. Prefix ^^ so all users can clearly recognize your search link.
An example of the universal search link format I propose:

^^ New York Times “Google C.F.O. Is Retiring to Spend More Time With Family”.

  • Start a line with ^^ which is my symbol for Google
  • Then the website name, plain without quotes
  • And last the “article title” in quotation marks.

Typing:
The double caret ^^ sign is available on your ASCII keyboard by typing shift 6 twice.
Put the title or main headline of the page in some “double quotes”, so that Google searches for the words in that particular order. And finds the article of course.

Back to math class:
The origin of my Google symbol ^^ mirrors that of the name Google. Both stem from the popular mathematics of big numbers. A googol is an astronomically large number and the operator ^^ signifies the superpower of tetration.
To be exact googol equals 10^100 = 10^^2+^2 if you can figure out what I mean…

Tip:
You probably want to copy the main heading from a page, to paste it in between “” as your search link. But some comment boxes will preserve layout, rendering its font too large. Best first paste a text in Notepad (simple editor), and copy it from there.

Summary:
When a direct url is problematic, write a Google search link as:
^^ Domain “Article title”.

Please leave a comment. (^^)